迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制…

故事设定为迪迦消失后的第8年—2017年主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球。在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了超级胜利队的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体斯菲亚，虽然他驾驶战机奋力战斗，…

受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。　　与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“…