奥特之国在远离地球的M78星云上。最初，科学特别搜查队的早田队员，驾驶威托巡逻时，发现一个红色球体正在追逐一个蓝色球体，这时候红色球体无意中撞上了早田的飞机，早田因此阵亡。这个时候，他在龙森湖的上空被红球吸了进去，于是遇到了奥特曼，在这里他明白了奥特曼是在追击逃跑的宇宙怪兽百慕拉，无意中和早田的飞机撞击，于是，奥特曼为了…

梦比优斯在巡逻时接收到光之国的讯息，得知希卡利在怪兽墓场陷入危机，遂马上赶往救援，并与已经抵达艾斯、泰罗碰头。梦比优斯赶到怪兽墓场时，发现艾斯和泰罗已经落入四天王的圈套并被擒做人质，而希卡利竟然和四天王合作，逼迫梦比优斯进入炎之谷取出终极战斗仪。梦比优斯无法相信这一切，却也无可奈何，只好进入炎之谷，并与新认识的伙伴机械…

最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之…

20年前，奥特兄弟为了阻止由异次元人亚布鲁怨念衍生出来的终极超兽奥特杀手萨乌鲁斯，奥特兄弟用尽了所有力量和萨乌鲁斯进行了一番苦战。最后，奥特杀手萨乌鲁斯被打败，沉入了神户港的深海。亚布鲁的怨念得以被封印，但是，奥特兄弟们也丧失了变身的能力。梦比优斯奥特曼来到地球半年后，隐约感觉到了神户的异样并独自一人去前去调查。梦比优斯…

地球因百特星人的突然出现而陷入了濒临灭绝的危机中，人类全都莫名其妙地突然失踪了。地球成为了百特星人的怪兽兵器实验场。但是，仍有极少数的人幸存下来了，那就是对未来充满希望的孩子们。为了孩子们的未来，为了把握明天，7位女性组成了U小队与百特星人对抗。首先来到她们守护的地球的是戴拿奥特曼（飞鸟信），然后是高斯奥特曼（春野武藏）…

在行星布拉姆附近突然出现了一个神秘的人造天体，它吸收了所有的宇宙机器人并制造出了最强的超级机器人军团。为了阻止它，赛罗奥特曼与镜子骑士、红莲火焰和詹伯特联手对敌。

受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。　　与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

昭和五十五年的一桩密室谋杀案，由于上司急于升迁，所以最终草草结案，惟有警探笹垣润三（船越英一郎 饰）对此案不能释怀。多年后，当年嫌犯的女儿西本雪穗已改名唐泽雪穗（堀北真希 饰），并且过着与之前毫不相干的生活。但是，仿佛她有幸运之神的庇护一样，凡是给她制造麻烦的人，都会发生意外。后来，雪穗的好友江利子（绿友利惠 饰）与有钱…

最强战士贝利奥斯因为渴望人工太阳火炬的力量而坠入黑暗，但他的叛乱最终被奥特之王平定，并被打进宇宙监狱……　　多年以后，被扎布拉星人救出的贝利奥斯重回光之国，打败了众奥特战士，成功夺走人工太阳火炬并到怪兽墓场去。失去了火炬的奥特之星瞬间冻结，成功逃离的就只有梦比优斯、初代和赛文。　　此时，盘龙号在特顿星遭遇怪兽的袭击。在…

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系， 平行存在于现实世界中的横浜。 幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。阿良也作为飞鸟的同事而不断…