美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderso…

联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一起谋杀案的主要嫌疑人，谋杀案涉及一名与她共度死亡之夜的妇女。穆德和史高丽是他唯一要证明自己清白的人，因为上级官员试图让他闭嘴，唯一的线索就是一个神秘的老妇人。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操…

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢…

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

X档案，是调查局的一个部门，那里面贮存着几十年来遇到的无法解释的超自然现象案件…… 　　　特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。在一次催眠中，他回忆到自己失踪多年的妹妹Samantha在他们还是孩童的时候被一种未知的力量带走，自此，他对于X档案中所隐藏真相的…