小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子…

传说中的“食铁兽”闯入村子，晓青和果杉兄妹俩深入大山寻找“食铁兽”，却意外发现所谓的“食铁兽”是一对逃荒觅食的母子大熊猫。与此同时，凶残狡猾的老雪豹“独眼”、凶狠残暴的红狼和谋求暴利的不法分子都盯上了这对母子大熊猫，这对于濒临绝境的它们来说更是雪上加霜。为帮助这对逃难的母子大熊猫，晓青和果杉深入大山为大熊猫母子送去食物…