在一个魔法消失后的时代，公主阿莱蒂（桑岛法子 配音）独自居住在高高的城堡塔楼里，等待来迎娶她的骑士。而国王为了从众多人选中选出驸马，提出只要谁能将魔法师的宝贝带回来，谁就可以取公主做新娘。时光荏苒，公主每天以书本来消磨时间。一晚，一位勇士偷偷溜进了公主的闺房，向公主示爱 ，可被公主回绝了。打发走了拜访者，一个小魔女从暗道…

在网路上，突然出现了一隻数码蛋，这隻蛋破壳后，出生了一隻数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，…

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、…

一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组…