面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，救世主尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到母体中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到母体和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继…