变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是，面对大恶人“万磁王”的阴谋和“凤凰女”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。

　　魔幻战争逐渐进入高潮阶段。霍比特人弗拉多（伊利亚·伍德 Elijah Wood 饰）携带着魔戒，与伙伴山姆（Sean Astin 饰）以及狡猾阴暗的咕噜等前往末日山，一路上艰难险阻不断，魔君索伦为阻止魔戒被销毁用尽全力阻挠。另一方面，白袍巫师甘道夫（伊安·麦克莱恩 Ian McKellen 饰）率中土勇士们镇守刚铎首都——白城米那斯提里斯。魔兽大军压境…

琴葛蕾（法米克·詹森饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休·杰克曼饰）恍然若失。学院的教学任务落在了暴风女（哈莉·贝瑞饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈…