成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

三年同班同学却没有说过一句话，这指得就是阿良良木历（神谷浩史配音）和战场原黑仪（斋藤千和配音）。二人虽是同班同学，但可以说没有任何交集。本以为就会这样一直下去的阿良良木历因为一次偶然接住了意外从楼梯上跌下来的黑仪。而这次意外的从天而降，让历知道了黑仪的秘密。而这个秘密牵扯到众多事情，虽然历发誓自己绝不会把这件事告诉任何…

在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉…

公元2059年，航行中的Macross Frontier迎来了偶像歌手Sheryl Nome举办的银河巡回演唱会的最后一场 少女兰花·李去看偶像的演唱会……在宇宙中，Macross Frontier突然遭到了身份不明的宇宙怪兽的攻击 兰花的兄长欧兹玛·李受命率领S.M.S的VF-25紧...

以即将废部的男子中学软式网球部为舞台，讲述了抱着各自想法的少年们讴歌青春的故事。

以即将废部的男子中学软式网球部为舞台，讲述了抱着各自想法的少年们讴歌青春的故事。

原创篇章，讲述打倒亨德里克森后的短暂和平生活。

第二波“净化”开始了，石丸、樱井、岸、甲斐、李等日本政商界要人们按照名单顺序逐个被杀。然而，日本政府坚决贯彻不屈服于恐怖分子的态度。警察、对亚特选群、自卫队、美国国防部，还有亚人管理委员会官员户崎和高中生亚人永井圭，都在暗中潜伏着。亚人过激派集团也终于开始行动了。史上最恶最凶的恐怖分子佐藤的真正目的是什么？阻止佐藤的又…

某天，普通高中生永井圭（宫野真守配音）在放学路上被卡车撞倒，短暂的死亡过后，他悠然回到人间。作为日本第三位亚人，永井被警察、亚人管理委员会乃至赏金猎人等多方势力盯上。与此同时，被亚人管理委员会称为“帽子”的佐藤（大冢芳忠配音）将受控的亚人田中功次（平川大辅配音）。他向全国范围内发出信息，最终集结了7名亚人。佐藤试图策划…

圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛，其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的…