故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

故事发生在遥远的未来时代，日本财政陷入了巨大的危机之中，就在国家即将崩溃之时，一个名为“SovereignWealthFund”的金融机构出现，成功的挽救了摇摇欲坠的日本。尽管经济危机得到了缓解，但城市却因长久以来的缺乏管理而陷入了混乱，失业率、自杀率和犯罪率急速上升。余贺公麿（内山昂辉配音）的母亲早逝，父亲亦不知所踪，在舅母的抚养下长…