金良和紫文自小在孤儿院长大，他们一直在寻找自己的母亲，在寻找母亲的过程中，他们发现自己具有异于常人的超能力。大学老师谭目告诉了他们关于自身超能力的真相，并且和他们一起对抗穿越而来要杀死他们母亲的机器人哨兵。在谭目的帮助下，紫文和金良找到了自己的母亲，而且得到了一个意外的消息，他们还有一个弟弟叫思凡……

第二部在延续第一部风格的同时，故事呈现出多线发展的格局，情节有了更高的观赏性。第一部结尾，博罗米尔被强兽人杀死之后，两个哈比族人皮平和梅利也被强兽人绑架，阿拉贡、精灵莱戈拉斯（奥兰多?布鲁姆 饰）、侏儒金利一路追踪强兽人，营救皮平和梅利，遇到了“复活”的白袍巫师甘道夫（伊恩?麦凯伦 饰）。此时，投降索伦的白袍巫师萨鲁曼控制…

狄仁杰（赵又廷 饰）大破神都龙王案，获御赐亢龙锏，并掌管大理寺，使他成为武则天（刘嘉玲 饰）走向权力之路最大的威胁。武则天为了消灭眼中钉，命令尉迟真金（冯绍峰 饰）集结实力强劲的「异人组」，妄图夺取亢龙锏。 在医官沙陀忠（林更新 饰）的协助下，狄仁杰既要守护亢龙锏，又要破获神秘奇案，还要面对武则天的步步紧逼，大唐江山陷入了…