本作故事略带悬疑色彩，舞台设立在了特别的地方——美浜学园，主人公风见雄二转校来到这里，而这个学园中只有5名少女：喜欢独处的大小姐，温柔而且喜欢照顾别人的少女，金发双马尾的傲娇女，天真活泼的妹系角色，认真且喜好穿女仆装的班长。与这5名性格各异的少女相遇，雄二的命运会发生什么变化呢，而总共只有6个人的美浜学园究竟隐藏着怎样的…

由于童年的悲惨遭遇，直枝理树的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃，正直开朗稳重可靠的枣恭介，四肢发达头脑简单的井之原真人，成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的…

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换…

在坂下引发的骚动之后过了一年的某个夏日。雄二在为了升进的考核调查中，前往市谷的JB之处。在与她的面谈中，追求自己成长经历的雄二，开始了追寻记忆之旅。由于意外事故而去世的最爱的姐姐。如同追随她一般踏上旅途的双亲。收养了天涯孤独的他的最糟糕的男人。自幼年时到现在，自己所邂逅的，并一同度日的人物们的记忆，雄二淡然地诉说着这些。…

　一个全面脱贫的小村里，城市媳妇淑丹来到农村婆家生活，由于生活习惯观念不同，淑丹跟婆婆发生了一系列的问题，经过几番周转，婆婆终于意识到自己的错误.......

库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个Little jijikb.com Busters！的世界。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以室友还在募集中…为由伸出援手。就这样开始了和库特一起度过的暑假，这给他们带来了各种各样的新任务。理树和库特最后得到的东西是......？

动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。

由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出…

平静略显无聊的日子里，枣恭介（绿川光 配音）、枣铃（民安智惠 配音）、井之原真人（神奈延年 配音）、宫泽谦吾（织田优成 配音）以及直枝理树（堀江由衣 配音）等Little Busters的各位坐在一起聊天。真人讨厌被大家成为宇宙笨蛋，恭介则适时提出了强者挑战赛，拿到冠军自然有机会为自己正名，此外他还为在场的各位设定了种子排位。在此之后，…

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，　　理树则开始了寻找成员的任务。　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。　　和大家一起参加试胆大…