故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共…

本作品是以作者的童年生活为蓝本的故事，其中一事一物均充满着70年代的怀旧气息。故事围绕着小丸子以及其家人和同学展开，有关于亲情、友谊等，或是一些生活小事，但当中有笑有泪，令人回想起童年的稚气。