这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性”OneForAll。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。虽然打倒了宿敌A…

某天，一个都市消灭了——独行侠运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪父亲传来的信息，而开始前往消灭都市。但，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——对幸存者的思念，暗中活跃的神秘组织，以及被隐藏起来的阴谋。拓也与小雪，原本素昧平生的两人，随着旅行逐渐加深关系，并…

圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛，其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的…