在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。

季節は過ぎ、もうすぐ二度目の春――。劣等生の兄と、優等生の妹。ふたりの魔法科高校での生活は、その一学年目を終えようとしていた。達也、そして深雪たちは春休みを利用して、小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。束の間の休息に羽根を伸ばす達也たち。しかし、そんな達也たちの前にひとりの少女“九亜”が現れる。海軍基地から脱走…